Comunidad Asociada Destacada - Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)#
Esta publicación es parte de una serie que destaca a las Comunidades asociadas del Proyecto Catalyst, quienes están utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para avanzar en diversos proyectos en las biociencias. Nuestras Comunidades asociadas también juegan un papel vital en la configuración de nuestro modelo de gobernanza, ayudándonos a sostener, escalar y maximizar el impacto en América Latina, África y comunidades desatendidas en todo el mundo.
En esta publicación, Shirley Alquicira Hernández e Irma Martínez Flores comparten cómo la colaboración con el Proyecto Catalyst está impactando al Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) en México.
¿Podrías presentarte a nuestros lectores? Cuéntanos sobre tu organización/instituto/proyecto y sobre la investigación en la que está trabajando actualmente tu comunidad.
El Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG) del Centro de Ciencias Genómicas (CCG) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) es un grupo que reúne a profesionales y académicos para apoyar, proveer servicios y fomentar el crecimiento del campo de la bioinformática en la investigación del país. Desde septiembre de 2001, el NNB-CCG ha formado parte de la red global de centros de bioinformática, EMBnet (Red Europea de Bioinformática formada en 1988), con más de 30 nodos en cinco continentes.
Los principales objetivos del NNB-CCG son:
Brindar educación y capacitación en bioinformática.
Apoyar la investigación relacionada con bioinformática.
Establecer vínculos con los sectores académicos y comerciales.
Promover la cooperación global con otras comunidades relacionadas con bioinformática.
A través de la infraestructura del Proyecto Catalyst, el NNB-CCG busca apoyar a quienes investigan en el CCG, asegurando que cuenten con los recursos computacionales necesarios para acelerar sus investigaciones y obtener resultados de manera más eficiente. Además, estamos trabajando para ofrecer servicios en la nube en nuestros talleres de capacitación, lo que permite a nuestros participantes nacionales y extranjeros desarrollar habilidades en análisis bioinformático. Asimismo, esperamos promover la cooperación entre otras comunidades bioinformáticas.
Estos esfuerzos son importantes para la comunidad del NNB-CCG, ya que reúnen y benefician a personas de diferentes disciplinas, como biología, computación y química.
“Nuestra comunidad está compuesta por usuarios latinoamericanos que necesitan formación en bioinformática, por lo que requerimos acceso constante a recursos computacionales. A través del Proyecto Catalyst, realizaremos pruebas prácticas para adquirir experiencia en la gestión del sistema con el apoyo de recursos como consultoría, asesoramiento y disponibilidad de recursos proporcionados a través de la colaboración grupal. El objetivo es optimizar nuestra participación en eventos, evaluar la utilidad de los recursos del Proyecto Catalyst y, a su vez, proporcionar pautas para mejorar su servicio identificando las áreas necesarias de mejora dentro de las instituciones.”
¿Qué uso específico le están dando a la infraestructura en la nube? ¿Qué tipo de datos almacenan allí? ¿Qué paquetes de software utiliza tu comunidad?
El NNB tiene como objetivo capacitar a investigadores, técnicos, estudiantes y personas interesadas en el campo a través de talleres de bioinformática, promoviendo proyectos de investigación relacionados con las Ciencias Genómicas en México y América Latina. Nuestros talleres, tanto en línea como presenciales, están enfocados en la programación en diferentes lenguajes como Python y R, apoyando a los participantes en el aprendizaje de técnicas y programas necesarios para desarrollar sus proyectos.
En nuestros talleres utilizamos una variedad de software bioinformático, entre ellos:
FastQC, Prokka, antiSMASH, BigSCAPE, EvoMining, CORASON, Blast+, Clustal-Omega, Seaview, PhyML, FigTree, jModelTest2, MrBayes, GET_HOMOLOGUES, GET_PHYLOMARKERS, entre otros.
Dependiendo del tipo de taller, cambiamos las aplicaciones y herramientas que nuestros participantes usarán, y seleccionamos un subconjunto de los datos para trabajar y analizar.
¿Podrías contarnos cómo fue hasta ahora tu experiencia con el Proyecto Catalyst? Por ejemplo, ¿has participado en alguna capacitación ofrecida por Catalyst? ¿Qué es lo que has disfrutado más?
Hemos tenido la oportunidad de participar en la formación para Campeones y Campeonas del Hub de 2i2c. Este entrenamiento fue interesante para nosotros porque pudimos aprender diferentes aspectos sobre la gestión de nuestro hub, cómo interactuar con los usuarios y las mejores prácticas para organizar el trabajo de manera que podamos ofrecer una buena experiencia a nuestros usuarios.
Nuestro personal principal que trabaja con el Proyecto Catalyst ya está certificado como instructores de The Carpentries, gracias a nuestra colaboración en 2017 con dicha organización. Sin embargo, anticipamos que otros miembros de nuestro equipo, interesados en desarrollar mejores técnicas pedagógicas, también se beneficiarán de este entrenamiento ofrecido por MetaDocencia a través del Proyecto Catalyst.
Estas fotos muestran a Alfredo Hernández, Irma Martínez, y Shirley Alquicira ejecutando un análisis de datos utilizando el programa `fastqc` en la infraestructura del hub de Catalyst.
Fotos cortesía de Shirley Alquicira Hernández.