Comunidad Asociada Destacada - Instituto Africano de Ciencias Biomédicas y Tecnología (AiBST)#
Esta publicación es parte de una serie que destaca a las Comunidades asociadas del Proyecto Catalyst, quienes están utilizando la infraestructura en la nube del Proyecto Catalyst para avanzar en diversos proyectos en las biociencias. Nuestras Comunidades asociadas también juegan un papel vital en la configuración de nuestro modelo de gobernanza, ayudándonos a sostener, escalar y maximizar el impacto en América Latina, África y comunidades desatendidas en todo el mundo.
En esta publicación, Zedias Chikwambi comparte cómo la colaboración con el Proyecto Catalyst está impactando al Instituto Africano de Ciencias Biomédicas y Tecnología (AiBST, por African Institute of Biomedical Sciences and Technology) en Zimbabue.
Zedias Chikwambi, quien contribuyó en esta publicación, utiliza la infraestructura de la nube de Catalyst en su trabajo en el Instituto Africano de Ciencias Biomédicas y Tecnología (AiBST). Foto cortesía de Zedias Chikwambi.#
¿Podrías presentarte a nuestros lectores? Cuéntanos sobre tu organización/instituto/proyecto y sobre la investigación en la que está trabajando actualmente tu comunidad.
Soy Zedias Chikwambi del Instituto Africano de Ciencias Biomédicas y Tecnología (AiBST) en Zimbabue. Nuestra misión es descubrir y utilizar biomarcadores para guiar tratamientos personalizados. Aprovechamos una amplia gama de herramientas genómicas, incluidas bases de datos de secuenciación de nueva generación (NGS, por Next Generation Sequencing) , datos clínicos y plataformas computacionales avanzadas como los recursos en la nube del Proyecto Catalyst, para identificar y refinar biomarcadores. Estos biomarcadores se aplican en el desarrollo de herramientas de diagnóstico y detección de última generación. Los recursos computacionales a los que tenemos acceso han sido fundamentales para realizar análisis bioinformáticos exhaustivos en conjuntos de datos genómicos. Actualmente, nuestra comunidad de AiBST cuenta con cinco participantes activos, y estamos comprometidos en aumentar este número a través de iniciativas de formación locales y regionales.
“A través del Proyecto Catalyst podemos llevar la interpretación de la información genómica a la cabecera del paciente.”
¿Qué uso específico le están dando a la infraestructura en la nube? ¿Qué tipo de datos almacenan allí? ¿Qué paquetes de software utiliza tu comunidad?
Esta iniciativa está liderada por la Unidad de Genómica de AiBST, donde aprovechamos y celebramos la diversidad de variaciones genómicas entre individuos para entender mejor las respuestas a medicamentos e informar sobre terapias personalizadas. Nuestro trabajo incluye la generación y utilización de conjuntos de datos genómicos y clínicos, como datos transcriptómicos (tanto a nivel de célula única como a nivel de núcleos/células en conjunto), secuenciación completa del exoma (WES, por Whole Exome Sequencing), secuenciación completa del genoma (WGS, por Whole Genome Sequencing) y datos de genotipos obtenidos mediante plataformas de open array para polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs, por Single Nucleotide Polymorphisms) y variaciones en el número de copias (CNVs, por Copy Number Variations). Utilizamos herramientas avanzadas como pipelines de identificación de variantes, R, Python y plataformas de visualización de datos para analizar e interpretar estos datos.
Además, utilizamos un sistema de gestión de información genómica que nos permite convertir los resultados de laboratorio en informes clínicamente relevantes, haciéndolos accesibles a través de plataformas móviles y en línea. El sistema en la nube también sirve como una plataforma de enseñanza y aprendizaje, lo que nos permite capacitar y actualizar las habilidades de nuestro personal y participantes. El Proyecto Catalyst ha mejorado significativamente nuestra capacidad para colaborar tanto dentro como fuera de la comunidad de AiBST. Aunque aún no hemos utilizado la plataforma para talleres, organizar workshops de bioinformática y sesiones de formación es uno de nuestros objetivos clave para el futuro.
¿Podrías contarnos cómo fue hasta ahora tu experiencia con el Proyecto Catalyst? Por ejemplo, ¿has participado en alguna capacitación ofrecida por Catalyst? ¿Qué es lo que has disfrutado más?
Tanto yo como dos miembros de mi comunidad hemos tenido la suerte de formarnos como Instructores/as de The Carpentries. También he recibido formación como Campeón de Hub de 2i2c para la comunidad de AiBST. Estos roles me han dotado de las habilidades necesarias para satisfacer las diversas necesidades de los miembros de nuestra comunidad. Lo más emocionante es que nuestra comunidad ha sido aceptada en el próximo programa de mentoría de Open Life Science (OLS), el cual estamos ansiosos por comenzar.
Foto cortesía de Zedias Chikwambi.